Het NIVRE is een stichting bestaande uit een beroepsorganisatie en een werkgeversbranche waarbij het NIVRE-bestuur de strategie en de financiële kaders bepaald. De beroepsorganisatie wordt geleid door de Raad van Branchevoorzitters, waar 6 branches onder vallen, elk met een eigen verantwoordelijkheid. De werkgeversbranche behartigt de belangen van de zogenaamde Kamerbureaus, de aangesloten expertiseorganisaties.

Het NIVRE-bestuur bestaat uit een voorzitter, plaatsvervangend voorzitter, penningmeester en drie leden die ieder verantwoordelijk zijn voor een portefeuille. Daarnaast kent het NIVRE een dagelijks bestuur, bestaande uit voorzitter Klaas Brand, penningmeester Stefan Meerkerk en directeur Susan Mogony.